Windows の HTML ヘルプ (*.chm) の話です。
極々稀にヘルプの本文が文字化けして全く読めないことが有ります。例えば、最近は内容が古くなって全く見ない、秀丸エディタＱ＆Ａ集です。このヘルプで文字化けを再現させるには、Internet Explore (以下 I.E) の「エンコード」の設定で「自動選択」を OFF にしつつ、「日本語 (シフト JIS) 以外にしてから、ヘルプを開きます。
HTML ヘルプの設定の幾つかは、I.E と連動しているんですね。またヘルプの右クリック・メニューからソースを見れることを知ったのですが、このソースを表示するソフトウェアも「インターネットオプション」→「プログラム」→「HTML エディタ」が使われます。
話を本題に戻すと、I.E の設定と関係なく、このソース・レベルで、通常の HTML ファイルと同様
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=shift-jis">
等と、文字コードが書かれている場合は、I.E の設定によって文字化けが発生する事はありません。